O objetivo geral é formar um profissional de nível superior que vai se valer das ferramentas conceituais, metodológicas, técnicas e cientificas da área de Aquicultura para projetar, planificar e avaliar metodologias e técnicas aplicáveis ao cultivo de organismos aquáticos; visando a produção eficiente de alimentos e derivados de origem aquática, a serviço do desenvolvimento regional integrado. Como específicos: formar profissionais de nível superior capazes de satisfazer a demanda de mão de obra especializada no âmbito da Aquicultura nacional; atender as necessidades socioeconômicas regionais e nacionais no domínio da Aquicultura e no desenvolvimento de tecnologias relacionadas; e contribuir para o desenvolvimento cientifica e tecnológico no âmbito das disciplinas conexas e da própria Aquicultura, desempenhando papel importante na busca do desenvolvimento sustentável. 

O Curso de Engenharia de Aquicultura no Setor Palotina, conta com ampla estrutura completa de laboratórios de áreas específicas e multiusuários que contemplam as atividades de ensino, pesquisa e extensão. O curso conta desde 2016, com o Núcleo de Pesquisas e Desenvolvimento em Aquicultura – NPDA, onde estão instalados alguns dos laboratórios, bem como na Fazenda Experimental, localizada na zona rural do município de Palotina. Além de estar inserido no maior centro de produção de tilápias do Brasil.

A história do Setor Palotina, iniciou-se em 1993 com a criação de um Campus Avançado localizado a aproximadamente 600 km da sede da UFPR, contava apenas com o curso de Medicina Veterinária. A criação do então Campus Palotina foi aprovada pelo Conselho Universitário da Universidade Federal do Paraná no ano de 1992. Em 27 de novembro de 2012 o Campus Palotina transformou-se em Setor Palotina através da Resolução n 31/12-COUN. 

A expansão do campus iniciou-se em 2009 com a implantação de novos cursos de graduação, quando ingressou a primeira turma do curso de Tecnólogo em Aquicultura, o qual em 2014 foi transformado para Engenharia de Aquicultura, tendo o ingresso de sua primeira turma em 2015. 

Atualmente o Setor Palotina é o maior campus fora da sede e conta com 8 cursos de graduação e 8 programas de pós-graduação (mestrado e doutorado), atuando de forma direta no desenvolvimento local e regional por intermédio da pesquisa, da extensão, de projetos de cunho social e de parcerias com empresas do setor produtivo.