O curso de Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia visa formar profissionais para atuar no desenvolvimento e melhoria de processos e produtos biotecnológicos, assim como em projetos e construção de equipamentos, máquinas e indústrias de biotecnologia. O engenheiro de bioprocessos e biotecnologia precisa ter um perfil altamente inovador, empreendedor e técnico, sendo indispensável para indústrias e laboratórios de pesquisa que utilizem a biotecnologia como ferramenta. 

A estrutura do curso de Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia da UFPR Setor Palotina assegura ao formando a aquisição dos conhecimentos e competências para analisar, conceituar e implementar técnicas e processos no âmbito da Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia. 

O curso está dividido em: Núcleo básico, Núcleo profissionalizante e Núcleo específico. Todos os núcleos englobam grandes áreas de conhecimento como: biologia, química e engenharia. Após o núcleo básico os alunos iniciarão disciplinas profissionais essenciais para o curso. O núcleo de conteúdos profissionais essenciais é composto por campos de saber destinados à caracterização da identidade do profissional, e por fim as disciplinas do núcleo específico são aquelas ligadas às especificidades do curso. 

O currículo do curso de Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia apresenta ainda atividades complementares obrigatórias como Estágio obrigatório e disciplinas optativas além das atividades complementares flexíveis aqui representadas pelas atividades formativas

Com um perfil multidisciplinar, o profissional de Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia pode seguir carreira laboratorial, clínica, regulatória e industrial. Desta forma, é desejável que o discente que tenha interesse no curso tenha afinidade principalmente com as áreas de exatas e biológicas, bem como facilidade para atuação com pesquisa e inovação e empreendedorismo.